Nhược điểm chính của vận dụng chương trình con liên quan đến bố trí các mã chỉ thị "dọn nhà" (housekeeping code) ở chương trình con, làm cho thời gian thi hành tác vụ kéo dài hơn so với khi đoạn mã đó được đặt thẳng trong chương trình chính.

Khi chuyển điều khiển sang chương trình con, tại các điểm vào (entry) chương trình con phải bố trí sao lưu giá trị các con trỏ (pointer) của bộ xử lý. Khi kết thúc (exit) giá trị các con trỏ được khôi phục lại từ trị sao lưu rồi mới thoát. Những đoạn mã sao lưu và khôi phục này giống nhau ở các chương trình con, tức là nếu subroutine "không làm gì" thì khi dịch ra mã vẫn có đủ cặp đoạn mã này.

Vì thế lập trình cho các vi điều khiển có tốc độ thấp và bộ nhớ hạn chế thì phải cân đối giữa việc lập hay không lập chương trình con. Các CPU điện toán hiện nay có tốc độ rất cao nên tổn thất thời gian này hiện ra không đáng kể, những người lập trình ứng dụng không cần quan tâm.